Como asesor de la Acción Católica, Mugica se relacionó con Eduardo Firmenich, Fernando Abal Media y Carlos Ramus, a la sazón líderes de Montoneros. Por entonces, aceptaba la violencia para oponerse
a una dictadura, aunque decía que él nunca la ejercería (En la encíclica Populorum Progressio, de 1967, Pablo VI dice que la violencia puede entenderse ante una "tiranía evidente y prolongada", pero la desaconseja completamente). En cambio, afirmaba que esta no tenía ningún sustento en democracia. Cuando Abal Medina y Ramus fueron abatidos en un enfrentamiento, ofició la misa exequial en la que pronunció una encendida homilía por la que estuvo detenido una semana, acusado de apología de la violencia, pero fue liberado por falta de mérito. Además, fue suspendido un mes en la Iglesia que le había prohibido hacer declaraciones políticas.